העדר הסכמות בין בעלי הנכס בינם לבין עצמם לעצם מימוש התמ"א, לאופן המימוש והיקפו.
אוכלוסיה בוגרת שאינה מעוניינת כלל בעבודות בניה בבנין ו/או החוששת מכשלון ההליך. חשש זה גובר במימוש חלופת "פינוי-בינוי", קרי הריסת הבנין הקיים והקמתו מחדש.
בעלי דירות, שאינם גרים בבנין ומשכירים את דירותיהם, חוששים מאובדן שכר דירה או הקטנתו במהלך עבודות הבניה.
בבנינים בהם קיימות דירות גג או גגות פרטיים המוצמדים לדירות שמתחתן, המימוש שבבניה על הגג מותנה בהסכמת בעלי דירות אלה. בהעדר הסכמתם, אין היתכנות כלכלית ליישום ההליך. כמו כן, במקרים מסוימים, הסכמתם להליך מותנת בהתמקמותם בקומה העליונה החדשה, דרישה הפוגעת ברווחיות הפרויקט.
חובת תשלום מס במקרה שבו דיירי דירות הגג והאחרים שגג הבנין צמוד לדירותיהם מתמקמים בקומה העליונה החדשה. המחוקק ורשויות המס רואים במהלך זה 2 עסקאות נדל"ן ולא החלפת דירות פשוטה. עסקה ראשונה תהיה רכישת דירת הגג או הגג הצמוד הקיימים מבעליו על ידי היזם. עסקה שניה תהיה רכישת הדירה החדשה על ידי הבעלים הקודמים מהיזם. העסקאות הנ"ל מחויבות בתשלום מיסים כגון: מס רכישה, מס מכירה, מע"מ ובנסיבות מסוימות אף בחיוב מס שבח הפוגעים ברווחיות הפרויקט.
העדר היתכנות כלכלית לביצוע חלופת הסכם שיתוף בדרך של תוספות והרחבות או של "פינוי- בינוי".
חובת פרסום המימוש בדרך של הקלה לחשיפתו לציבור הרחב להתיחסות. הליך זה, נותן מעמד לתושבים להגשת התנגדות למימוש מכל סיבה תכנונית שהיא. התנגדויות יכולות להיות מוגשות לועדה המקומית וככל שנדחות לועדת הערר המחוזית. הליך זה של פרסום ודיון בהתנגדות מעכב הוצאת היתר הבניה בכ-7-8 חודשים.
גובה קומה הקטן בדרך כלל מהגובה התקני הראוי למגורים.
קושי בביצוע חפירה להגבהת גובה זה מהחשש לפגיעה בביסוס הקיים או בתשתיות הבנין.
השטח הניתן לסגירה הינו מפוצל שתכנונו בעייתי ולא אפשרי.
הבניה בקומת העמודים מנטרלת את האפשרות לתוספת מקומות חניה ליחידות הדיור החדשות כמתבקש מהוראות התכנית.
קיימים בנינים בהם קומת הקרקע בנויה. משכך, נפגעת ההיתכנות הכלכלית בהעדר האפשרות לבניה בקומה זו או להמצאת מקומות חניה.
קושי בהמצאת מקומות חניה ליחידות הדיור החדשות הפוגע במחיר הדירות החדשות או המצאתם באמצעות מכפילי/מתקני חניה המייקרים את העלויות.
המרת מקומות חניה חסרים בתשלום לקרן חניה פוגע בכיסו של היזם מבלי שהומצאו מקומות חניה לדירות החדשות שערכן נפגע.
לעיתים, התמורה לדירות החדשות נמוכה ממחירי השוק המקובלים בשל מיקומן על גבי בנין קיים עם חדר מדרגות קטן ומעלית קטנה.
הגשת התנגדויות של בעלי נכסים גובלים לבקשות הכוללות הקמת ממדי"ם מעבר לקווי הבנין המקלים של התמ"א ואף עד לגבולות החלקה המקטינים את המרווחים לדירותיהם, פוגעים במרקם האורבני ובחזות העיר.
התנגדות בעלי נכסים גובלים כתוצאה מהגבהת הבנין הקיים הגורם במקרים מסוימים להסתרת הנוף ובמקרים אחרים להפרת הפרטיות. למשל מקרה של גג פרטי סמוך קיים שהיה בגובה הבנין והופך לנמוך עם חשיפה למבטים.
ביצוע עבודות הבניה באתר בתנאים קשים בהעדר מרחבי התארגנות סבירים המכבידים על עלויות הביצוע.
חובת חיזוק הבנין בתוך הדירות הקיימות, בהתאם להנחיות נספח 2 לתמ"א הדן בנושא ההנדסי, גורמת לעיכוב בלוח הזמנים. כמו כן, מחייבת תאום ביצוע עם כל דייר בנפרד בהתאם לרצונותיו אשר יגררו עלויות נוספות.
העדר היכולת של מרבית היזמים להציג פרויקטים גמורים שביצעו.
העדר מיומנות מקצועית של חלק מהיזמים ובעלי המקצוע הנלווים הגורמים, לא אחת, לפיתוח ציפיות אצל הדיירים שלא ניתן להגשימן.
העדר האפשרות לקבלת ליווי פיננסי בנקאי למימון הפרויקט לאור העובדה שהיזם אינו נמנה על בעלי הנכס כמופיע בנסח הטאבו.
העדר האפשרות לרישום הערות אזהרה כביטחון לרוכשי הדירות החדשות מסיבה זו.
העדר האפשרות לקבלת משכנתא בנקאית לרוכשי הדירות החדשות, מאותה סיבה.
העדר האפשרות ליזם לקיזוז תשומות המע"מ מעבודות השיפוץ והרחבת הדירות הקיימות מתשומות המע"מ הכלולות במחיר יחידות הדיור החדשות. עלות נוספת הפוגעת ברווחיות של היזם.
